Neke povijesne naznake kazuju da su franjevci bili djelatno prisutni u Vukovaru kako prije dolaska Turaka, tako i za turske vladavine. No ipak, čvrsto uporište u Vukovaru franjevci grade tek nakon povlačenja Turaka, kada je, govore povijesne činjenice, Vukovar ostao s 106 stanovnika u 44 kuće.
No, potrebe vjernika tih godina idu dalje, pa zbog vjerskih usluga franjevci 1707. godine podižu drvenu crkvu, a 1732. godine grade crkvu od čvrstog materijala.
Ta je crkva zbog porasta broja vjernika bila premala, pa se 1896. godine pristupilo njenom proširenju. Tim je proširenjem i dogradnjom crkva trostruko uvećana, a isto izgleda i danas. Za arhitektonsko rješenje ove crkve zaslužan je Rikarda Jordan.
Među najdužim crkvama u Hrvatskoj
Crkva s 58 metara dužine broji se među najduže u Hrvatskoj. Osim glavnog oltara, u crkvi postoji 5 lateralnih oltara, od kojih je zanimljivo istaknuti oltar sv. Bone, rimskog svećenika i mučenika iz 3. stoljeća,
Godine 1911. crkva je bogato oslikana te je snabdjevena novim orguljama od 33 registra, koje je izradio Franc Jenko 1939. godine.
Veliki samostan naslonjen na crkvu, kakav je danas, građen je u vremenu od 1723. do 1953. godine.
Uz župni pastoral, franjevci su u 18. stoljeću u Vukovaru pokrenuli javno pučko školstvo, dok je njihov samostan provincijsko središte za studij filozofije i teologije. Zahvaljujući ovim učilištima samostanska knjižnica se obogatila vrijednim i rijetkim knjigama.
U Domovinskom ratu crkva i samostan doživjeli su potpuno razaranje i opustošenje. Zahvaljujući redovničkoj braći, sačuvane su brojne kulturne vrijednosti, ali više ih je uništeno ili netragom nestalo. Posredstvom Ministarstva kulture RH otuđeno kulturno blago dobrim dijelom je vraćeno iz Srbije.